Naše laboratóriá potvrdili celkovo už stodvadsaťsedem prípadov variantu omikron.
Ilustračný obrázok. Zdroj: iStockphoto.com
Laboratóriá Úradu verejného zdravotníctva (ÚVZ) SR v spolupráci s Vedeckým parkom Univerzity Komenského (UK) v Bratislave a Biomedicínskym centrom Slovenskej akadémie vied (BC SAV) sekvenovaním potvrdili k včerajšku výskyt ďalších 73 prípadov variantu omikron (s pracovným názvom B.1.1.529) na území Slovenskej republiky.
ÚVZ SR na čele s Jánom Mikasom, hlavným hygienikom SR, informoval o tom, že na Slovensku tak máme aktuálne sekvenáciou potvrdených celkovo 127 prípadov variantu omikron.
ÚVZ SR zároveň obyvateľom dôrazne odporúča dať sa zaočkovať proti ochoreniu COVID-19, respektíve absolvovať posilňujúcu dávku v odporúčanom čase. Očkovaním sa významne znižuje riziko závažného priebehu infekcie a ťažkého priebehu ochorenia COVID-19.
Taktiež upozorňuje na absolútnu nevyhnutnosť osobnej ochrany bez ohľadu na očkovanie. Ňou je nosenie správne nasadeného respirátora, časté a nárazové vetranie miestností, dodržiavanie dostatočného odstupu od iných ľudí a priebežné dezinfikovanie si rúk.
Ako omikron percentuálne stúpa
V decembri 2021 tvoril variant delta (vrátane variantu AY.4.2) 98,8 percenta zo všetkých úspešne osekvenovaných vzoriek. Variant omikron naproti tomu tvoril necelých 0,6 percenta zo všetkých úspešne osekvenovaných vzoriek. Rovnaký podiel tvorili ostatné varianty. V decembri 2021 nebol laboratórne potvrdený ani jeden prípad variantov alfa alebo beta.
V januári 2022 odborníci evidujú postupný rast laboratórne potvrdených prípadov variantu omikron. Vo vzorkách odovzdaných na sekvenáciu v prvých dňoch mesiaca tvorili približne 13 percent úspešne sekvenovaných vzoriek, vo vzorkách odovzdaných na sekvenáciu o týždeň neskôr to už bolo 30 percent úspešne sekvenovaných vzoriek. Ani počas januára 2022 nebol zatiaľ zaznamenaný výskyt variantov alfa a beta, pričom dominantným sa nateraz zostal variant delta.
Hoci vedci predpokladajú, že stúpajúci trend výskytu variantu omikron potvrdia aj budúce výsledky sekvenácie vzoriek, z priebežných čiastkových výsledkov v tejto chvíli ešte nie je možné spoľahlivo stanoviť, či sa už variant omikron stal v tunajšej populácii dominantným. S určitosťou to budú môcť potvrdiť až na základe výsledkov sekvenácie dostupných v najbližších dňoch či týždňoch.
Ako sa vyberajú vzorky na sekvenovanie
Z pozitívnych vzoriek sa cielene vyberajú vzorky na sekvenáciu podľa určených kritérií, pričom výsledky sekvenovania sú primerane reprezentatívne z hľadiska pomerného zastúpenia.
Okrem pozitívnych vzoriek ľudí, ktorí prišli z rizikových krajín, sa sekvenujú pozitívne vzorky od kontaktov osôb, u ktorých bol potvrdený omikron. Rovnako sa sekvenujú vzorky od ľudí, ktorí boli vakcinovaní druhou dávkou vakcíny proti ochoreniu COVID-19, či pozitívne vzorky od tých, ktorí majú opätovnú infekciu vírusom SARS-CoV-2.
Taktiež sa sekvenujú pozitívne vzorky od osôb s atypickým priebehom ochorenia (ťažký priebeh, mladšie osoby) a dostatočné zastúpenie, tu, samozrejme, má aj náhodný výber vzoriek.
V súčasnosti sa sekvenujú vzorky s dátumom odberu spred týždňa. Takýto časový odstup je nevyhnutným dôsledkom zložitej logistickej a technickej stránky celého procesu (iba samotné potvrdenie pozitivity vzorky má časový limit 96 hodín, čas si žiada aj výber, zber a preprava vzoriek na sekvenovanie do laboratórií, spracovanie a príprava vzoriek na sekvenáciu, náročná bioinformatická analýza a interpretácia výsledkov).
Ako prispievame do databáz genómov koronavírusu
ÚVZ SR zároveň uvádza, že Slovensko zaslalo viac ako desaťtisíc sekvenovaných genómov vírusu SARS-CoV-2 od infikovaných osôb do medzinárodnej sekvenčnej databázy ENA (European Nucleotide Archive), čím prispieva k medzinárodnému výskumu koronavírusových genómov.
Slovensko je v rámci Európy šiestou najviac prispievajúcou krajinou. Do tejto databázy sa zatiaľ vkladajú údaje z dvoch sekvenačných laboratórií – Úradu verejného zdravotníctva SR a Vedeckého parku UK v Bratislave.
V ďalšej medzinárodnej databáze GISAID, do ktorej dáta vkladajú už všetky sekvenujúce laboratóriá, je za Slovensko k dnešnému dňu vložených už 18 315 genómov, čo predstavuje 1,27 percenta zachytených pozitívnych prípadov, podobne, ako je to vo Francúzsku.
Na porovnanie možno uviesť, ako je to v susedných krajinách. V Českej republike sekvenovali 0,86 percenta, v Rakúsku 0,77 percenta, v Poľsku 0,98 percenta, v Maďarsku 0,03 percenta a na Ukrajine 0,017 percenta. (Zdroj: CoVerage).
V skutočnosti je na Slovensku osekvenovaný vyšší počet genómov, ale nie všetky sekvenačné dáta spĺňajú kvalitatívne parametre pre vkladanie do medzinárodných databáz.
Nezávisle od kvalitatívnych kritérií medzinárodných databáz sú všetky sekvenačné dáta ihneď po osekvenovaní k dispozícii epidemiológom na účely epidemiologických vyšetrovaní.
Na sekvenovaní vzoriek sa podieľajú Úrad verejného zdravotníctva SR, Vedecký park Univerzity Komenského v Bratislave a Biomedicínske centrum SAV v Bratislave.
Zdroj: Úrad verejného zdravotníctva SR
(GL)
