Botanická záhrada je vedecko – pedagogickým pracoviskom Univerzity Komenského, ktorého poslaním je udržovať a rozširovať zbierky živých rastlín, pomáhať vo výchovno-vzdelávacej činnosti odborným školám i pracoviskám a poskytovať odborné informácie širokej verejnosti.
V spolupráci s inými organizáciami pracovisko poriada výstavy a súťaže adresované od najmladšej po najstaršiu generáciu, laickej a odbornej verejnosti.
Významným odborným poslaním pracoviska je pokusná aklimatizácia rôznych druhov rastlín. Vhodne aklimatizované dreviny nachádzajú uplatnenie v sadovníckej tvorbe a lesníctve.
Rastliny teplomilnej vegetácie sa pestujú v skleníkoch, ktoré vzbudzujú najväčší záujem verejnosti.