Na vytvorenie fylogenetických sietí vedci použili údaje genómov vírusu SARS-CoV-2, ktoré pochádzali zo vzoriek pacientov z celého sveta.
Vzorky boli pacientom odobraté v období od 24. decembra 2019 do 4. marca 2020.
Matematický algoritmus, ktorý vedci použili, aby vytvorili fylogenetické siete, sa väčšinou využíva na mapovanie pohybu prehistorických populácií, čo sa realizuje na základe DNA.
Na sledovanie infekčných ciest vírusu bola metóda použitá pravdepodobne prvýkrát.
Štúdiu publikoval na konci marca odborný časopis PNAS.
Vedci zdôrazňujú, že vírusová sieť, ktorú vytvorili pomocou matematických modelov, zobrazuje vývojové cesty SARS-CoV-2 od počiatku epidémie, teda ešte skôr, než vzniklo nesmierne množstvo mutácií.
3 základné typy
Z analýzy vedci určili tri odlišné typy vírusu, ktoré pozostávali zo zhlukov úzko príbuzných línií.
Nazvali ich typ A, typ B a typ C.
Typ A predstavuje pôvodný vírusový genóm, ktorý sa objavil u človeka ako prvý. Vývojovo je najpodobnejší genómu SARS-CoV-2 netopierov.
Typ B je odvodený od typu A, pričom sa líši dvomi mutáciami.
Následne z typu B vznikol typ C.
Fylogenetická sieť vytvorená na základe analýzy 160 genómov SARS-CoV-2. Veľkosť kruhových oblastí je úmerná počtu druhov. Každý zárez na spojoch predstavuje mutovanú nukleotidovú polohu. Zdroj: PNAS
Zaujímavé je, že hoci základný typ A vedci našli aj u pacientov z Wuhanu, nebol to typ, ktorý na danom mieste prevládal.
Mutované verzie typu A identifikovali najmä u Američanov žijúcich vo Wuhane, u pacientov v USA a Austrálii.
Vo Wuhane dominoval typ B, ktorý bol rozšírený medzi pacientmi v celej východnej Ázii.
Typ C sa objavoval najmä v Európe, a to hlavne u včasných pacientov z Francúzska, Talianska, Švédska a Anglicka. Vo vzorkách z Wuhanu sa síce nenachádzal, ale vedci ho diagnostikovali pacientom z Hong Kongu, Singapuru a Južnej Kórey.
Odkiaľ, kedy, kam
Nová štúdia tiež naznačuje, že prvý výskyt SARS-CoV-2 v Taliansku by mohol súvisieť s prvou zdokumentovanou infekciou v Nemecku, ktorá bola zaznamenaná 27. januára 2020.
Štúdia tiež naznačila, že ďalšia cesta vírusu do Talianska viedla pravdepodobne zo Singapuru.
Vedci veria, že fylogenetická analýza by mohla pomôcť určiť zatiaľ nezdokumentované zdroje infekcie Covid-19.
Zdroj: doi: 10.1073/pnas.2004999117
