Trvalo im to približne desať rokov. Vedci z celého sveta analyzovali genóm vo viac ako 2600 vzorkách pochádzajúcich od pacientov, ktorí trpeli rozličnými typmi rakoviny. Výsledky veľkej štúdie vo februári publikoval prestížny časopis Nature.
Do analýzy sa podarilo zahrnúť vzorky až z 38 typov rakoviny. Avšak projekt je zaujímavý nie len kvôli svojej zložitosti, ale hlavne preto, že odhaľuje nové genetické príčiny rakoviny, a ukazuje cestu, ktorou by sa mali vedci v budúcnosti vydať pri hľadaní účinnej terapie.
Pri sekvenovaní (čítaní) genómu sa vedcom podarilo určiť 705 mutácií, ktoré sa opakovane nachádzali vo vzorkách pacientov s rakovinou.
Je to veľa alebo málo? Ako v našom tele mutácie vznikajú? Musia sa vždy viditeľne prejaviť? Na výsledky štúdie sme sa pozreli s docentom Petrom Celecom z Ústavu molekulárnej biomedicíny Lekárskej fakulty Univerzity Komenského.
DNA neustále podlieha zmenám
Hoci slovo mutácia je často vnímané s negatívnym podfarbením, pravda je taká, že na úrovni DNA nejde o žiadnu výnimočnosť.
„Ľudská DNA je veľká molekula, ktorá neustále podlieha zmenám, t. j. mutáciám. Tie môžu byť spôsobené vplyvom prostredia. Avšak ukazuje sa, že kľúčovým faktorom sú mutácie alebo „preklepy“, ktoré robia pri delení buniek kopírky našej DNA, čiže polymerázy. Pri kopírovaní DNA, ktoré sa deje počas delenia buniek, nastáva mnoho týchto „preklepov“. Väčšinou však nemajú žiadne následky. Občas sa stane, že sa vyskytnú v dôležitej časti genetickej informácie, čo spôsobí, že bunka kvôli nim odumrie. Inokedy ich výskyt na špecifickom mieste zase spôsobí, že bunka nezomrie, ale naopak, začne sa rýchlejšie deliť. Aj tento proces ale väčšinou rozpozná náš imunitný systém a bunky, ktoré sa rýchlo delia, jednoducho zničí,“ vysvetľuje docent Celec.
Medzinárodnému tímu vedcov sa podarilo určiť 705 „preklepov“, ktoré sa opakovane nachádzali v genóme pacientov s rakovinou, čo naznačuje, že sú dôležité pre rast nádoru. Je to 705 „preklepov“, vďaka ktorým bunka získa vlastnosti nádorovej bunky a zároveň ju imunitný systém nerozozná.
„Tento údaj nám hovorí, že nádory sú heterogénne (rôznorodé). Ak by mutácií bolo 7 a nie 700, oveľa ľahšie by sa hľadali univerzálne liečebné postupy. Môžeme však predpokladať, že v skutočnosti bude daných mutácií omnoho viac, pretože vedci pracovali len s obmedzeným počtom vzoriek,“ dodal docent Celec.
Približne 100 zo 705 mutácií spadalo mimo proteín kódujúce oblasti genómu. Celkovo autori zistili, že genóm nádorových buniek obsahuje priemerne 4 až 5 mutácií, ktoré riadia rast nádoru. V 5 percentách prípadov nenašli žiadne mutácie. Môže to byť spôsobené limitom techniky či biologickými faktormi.
Limity štúdie
Za jeden z najväčších limitov štúdie vedci považujú to, že im chýbali konkrétne informácie o pacientoch, ktorých vzorky analyzovali. Väčšinou nevedeli nič viac než ich diagnózu, pohlavie a vek. Len veľmi zriedkavo sa výskumníci dostali k detailnej anamnéze, informáciám o rodine alebo o tom, akú terapiu pacient podstúpil a ako na ňu jeho telo reagovalo.
„Je to asi tak, ako keď máte telefónny zoznam bez mien. Je síce fajn, že máte telefónne čísla, ale pomohlo by, keby ste vedeli, komu patria. A úplne ideálne by bolo, keby ste mali informácie aj o adrese, príjme alebo rodinnom stave. Avšak to sú už informácie, ktoré sa dajú veľmi ľahko a rýchlo zneužiť. Z etických dôvodov sa mnohé informácie zaslepujú a anonymizujú. Pre výskumníkov je to škoda, pretože vďaka týmto dátam by bolo možné dosiahnuť ďalšie významné výsledky,“ povedal molekulárny biológ.
Napriek tomu dáta, ktoré zo sekvenačnej štúdie vzišli, sú pre ďalší výskum nádorových ochorení významné. Budú dostupné v online databáze, odkiaľ budú môcť čerpať vedci z celého sveta, ktorí na tomto výskume pracujú.
