Slovenské podnikové železničné múzeum (Železničné múzeum Slovenskej republiky – ŽMSR) vzniklo roku 1983 ako organizačná zložka niekdajšej Správy Východnej dráhy ČSD v Bratislave (oddelenie vtedajšieho Strediska technického rozvoja) Pôvodný názov, Pamätník železničnej dopravy na Slovensku bol ešte v roku 1986 zmenený na Múzejno-dokumentačné centrum Východnej dráhy a po zrušení Východnej dráhy len na Múzejno-dokumentačné centrum (MDC).
Od roku 1994 bolo oddelením Výskumného a vývojového ústavu železníc (VVÚŽ). Po rozdelení železníc MDC zostalo spolu s VVÚŽ organizačnou zložkou ŽSR. Zmluva o spolupráci medzi ZSSK, a. s. a ŽSR, ktorá riešila otázku pokračovania zbierkotvornej činnosti MDC, ako i údržbu a prevádzku slovenskej kolekcie prevádzkyschopných historických železničných vozidiel v podmienkach rozdelenej železnice, bola k 1.9.2004 stranou ZSSK, a. s. vypovedaná. V dôsledku toho je v súčasnosti ochrana slovenských železničných technických pamiatok záležitosťou iba ŽSR.
Pozitívne zmeny v chápaní podnikového železničného múzea ako dobrého marketingového nástroja vo vzťahu ŽSR a verejnosti a najmä skvelého osvetového nástroja viedli k organizačnej zmene, ktorej následkom bolo pretvorenie MDC na účelové stredisko Železničné múzeum Slovenskej republiky v riadiacej pôsobnosti Odboru komunikácie ŽSR od. 1.1.2018.