Slovenské múzeum ochrany prírody a jaskyniarstva (SMOPaJ) vzniklo v roku 1930 ako spolkové múzeum pod názvom Múzeum slovenského krasu. Od svojho založenia zhromažďovalo nielen zbierky prírodovedné a speleologické ale aj etnografické, historické, archeologické a iné. V prvom období pôsobenia osobitnú pozornosť venovalo hlavne jaskyniarstvu na Slovensku. V rokoch 1970 1981 tvorilo organizačnú zložku Správy slovenských jaskýň a neskôr rozšírilo svoju činnosť aj na oblasť ochrany prírody Slovenska. Od roku 1999 je v pôsobnosti Ministerstva životného prostredia SR. V súčasnosti múzeum sídli v historickej budove bývalého jezuitského kláštora z druhej polovice 18. storočia, ktorá bola komplexne zrekonštruovaná v rámci projektu spolufinancovaného z Európskeho fondu pre regionálny rozvoj. V roku 2005 bol zriadený špecializovaný Archív SMOPaJ. Súčasťou múzea je pracovisko v Košiciach, ktoré sa orientuje najmä na problematiku dokumentácie Slovenského krasu.
Od 1. januára 1999 je špecializovaným múzeom s celoštátnou pôsobnosťou pre oblasť ochrany prírody a krajiny v zriaďovateľskej pôsobnosti Ministerstvo životného prostredia Slovenskej republiky. V roku 2005 bol zriadený špecializovaný verejný Archív Slovenského múzea ochrany prírody a jaskyniarstva. Hlavným poslaním Archívu SMOPaJ je dopĺňať, získavať, spracovávať, ochraňovať a sprístupňovať archívne fondy a zbierky so zameraním na ochranu prírody a jaskyniarstvo Slovenskej republiky.
Dnes predstavuje múzeum špecializované ústredie múzejnej práce vo vzťahu ku kompletnej dokumentácii o vývine a súčasnom stave ochrany prírody a jaskyniarstva.