Ing. Zuzana Pakanová, PhD., začala svoju vedeckú kariéru rozvíjať už počas vysokoškolského štúdia ako pomocná vedecká sila v Ústave polymérov SAV, kde sa oboznámila so syntézou i analýzou biokompatibilných látok. Doktorandské štúdium absolvovala v súčinnosti so Slovenskou technickou univerzitou v Chemickom ústave SAV, kde pracuje doteraz ako vedecká pracovníčka. Počas doktorandského štúdia absolvovala zahraničnú stáž, vďaka ktorej optimalizovala a zaviedla metódy analýzy glykokonjugátov na báze LC-MS aj na Slovensku.
Významné výsledky vedecko-výskumnej činnosti dosiahla v oblasti štruktúrnej analýzy glykobiomarkerov, ktoré okrem základného výskumu viedli aj k úspešnej aplikácii do medicínskej a diagnostickej praxe na Slovensku aj v zahraničí. Optimalizované a zavedené metódy kvantitatívneho i kvalitatívneho stanovenia glykokonjugátov hmotnostnou spektrometriou sa aplikovali v rámci spoluprác v analýze rekombinantných proteínov s potenciálom využitia v biofarmaceutickom priemysle (napr. ľudský rekombinantný ceruloplazmín), napomáhali objasneniu molekulárnej podstaty zriedkavých ochorení u jednotlivých pacientov s doposiaľ nešpecifikovanou diagnózou (napr. diagnostika prvého slovenského ALG12-CDG pacienta), alebo našli využitie v základnom výskume (napr. charakterizácia zloženia sacharidových častí cytoplazmatickej membrány mykobaktérií).
Je autorkou 16 vedeckých prác spolu so 70 citáciami , pričom väčšina z nich bola publikovaná počas posledných dvoch rokov. Aktívne spolupracuje s viacerými vedeckými i klinickými pracoviskami na Slovensku i v zahraničí.